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杨剑
个人简介
杨剑，男，博士，研究员，先后毕业于南京大学和中国科学院生物物理研究所，现任中国医学科学院病原生物学研究所课题组长。长期在国内从事微生物基因组学相关的生物信息学研究，通过大数据整合与挖掘、设计通用分类方案、开发在线识别系统和卷积神经网络模型等，成功建立国际上最大的病原细菌毒力因子数据平台，并揭示了细胞外可伸缩注射系统和毒素复合体等多种毒力因子的遗传多样性和结核分枝杆菌的耐药性特征，通过生物信息学探索推动了相关病原菌的致病和耐药机制研究。同时，面向新发传染病防控重大需求，在国际上最早探索基于宏基因组的病原体高通量筛查数据挖掘新方法，并建立了全球首个重要疫源生物相关病毒数据平台，参与近年来的多次重大疫情相关病原体鉴定和数据分析，为我国新发传染病疫情防控能力提升贡献了力量。2009年入选北京市科技新星，2016年荣获中华医学科技奖二等奖（排名第三）。曾先后主持承担国家自然科学基金、国家973计划、国家重点研发计划和国家科技基础资源调查专项等多项科研项目。作为第一或通信作者（含并列）在Nucleic Acids Research、Nature Microbiology、Science Advances、Cell Reports、Bioinformatics等国际期刊发表SCI论文三十余篇，累计被同行引用超过四千次，H指数20。其中三篇论文位列ESI高被引论文，并有一篇入选“2019年中国百篇最具影响国际学术论文”。
研究方向
病原微生物基因组学数据整合与挖掘
科研项目
2022.10-2025.9，国家科技基础资源调查专项项目，中国热带及亚热带生态圈主要疫源生物携带病毒资源调查，2022FY100900，项目负责人
2020.1-2023.12，国家自然科学基金面上项目，基于深度学习的病原菌毒力因子识别和预测，31970635，课题负责人
2016.7-2018.12，国家重点研发计划“生物安全关键技术研发”专项非公开项目，课题负责人
2009.1-2013.8，国家973计划课题，重要致病性肠杆菌微进化的研究，2009CB522603，课题负责人
研究成果
1、Yan MY*, Zheng D*, Li SS*, Ding XY, Wang CL, Guo XP, Zhan L, Jin Q#, Yang J#, Sun YC#, Application of combined CRISPR screening for genetic and chemical-genetic interaction profiling in Mycobacterium tuberculosis. Sci Adv. 2022. 8(47): eadd5907.
2、Liu B*, Zheng D*, Zhou S, Chen L#, Yang J#, VFDB 2022: a general classification scheme for bacterial virulence factors. Nucleic Acids Res. 2022. 50(D1): D912-7.
3、Zhou S*, Liu B*, Han Y, Wang Y, Chen L#, Wu Z#, Yang J#, ZOVER: the database of zoonotic and vector-borne viruses. Nucleic Acids Res. 2022. 50(D1): D943-9.
4、Song N*, Chen L*, Zhou Z*, Ren X, Liu B, Zhou S, Wang C, Wu Y, Waterfield NR, Yang J#, Yang G#, Genome-wide dissection reveals diverse pathogenic roles of bacterial Tc toxins. PLoS Pathog. 2021. 17(2): e1009102.
5、Zheng D*, Pang G*, Liu B, Chen L, Yang J#, Learning transferable deep convolutional neural networks for the classification of bacterial virulence factors. Bioinformatics. 2020. 36(12): 3693-702.
6、Chen L*, Song N*, Liu B, Zhang N, Alikhan NF, Zhou Z, Zhou Y, Zhou S, Zheng D, Chen M, Hapeshi A, Healey J, Waterfield NR#, Yang J#, Yang G#, Genome-wide Identification and Characterization of a Superfamily of Bacterial Extracellular Contractile Injection Systems. Cell Rep. 2019. 29(2): 511-21.
7、Liu B, Zheng D, Jin Q, Chen L#, Yang J#, VFDB 2019: a comparative pathogenomic platform with an interactive web interface. Nucleic Acids Res. 2019. 47(D1): D687-92.
8、Hicks ND*, Yang J*, Zhang X*, Zhao B*, Grad YH, Liu L, Ou X, Chang Z, Xia H, Zhou Y, Wang S, Dong J, Sun L, Zhu Y, Zhao Y, Jin Q, Fortune SM, Clinically prevalent mutations in Mycobacterium tuberculosis alter propionate metabolism and mediate multidrug tolerance. Nat Microbiol. 2018. 3(9): 1032-42.
研究生培养
近五年培养博士研究生5名，其中1人次获得国家奖学金、1人次入选北京市优秀毕业生、3人次入选北京协和医学院优秀毕业生。